Футбольный клуб «Атом» был основан в 1986 году и в том же сезоне принял участие во Второй лиге, где занял 17-е место в 3-й зоне.
После этого команда долгое время выступала в чемпионате Воронежской области, где стала победителем в 2014 году.
С 2015 года «Атом» выступает в Третьей лиге СФФ «Центр». За это время нововоронежцы стали одними из лидеров чемпионата.
Дважды «Атом» становился чемпионом лиги: в 2016 и 2022 гг.
Серебряный призёр: 2015, 2018, 2020, 2021. Бронзовый призёр: 2019.
Обладатель кубка СФФ «Центр»: 2018, 2021.
В прошлом сезоне «Атом» стал участником 1-ого раунда Кубка России, где лишь по пенальти уступил тамбовскому «Спартаку».
Клуб обладает хорошей инфраструктурой и из года в год является претендентом на выход во Вторую лигу.
Такие успехи стали возможны благодаря усилиям Нововоронежской федерации футбола и Нововоронежской АЭС.
Некоторые футболисты команды и сами являются работниками главного предприятия города.
11 мая на стадионе «Сапа» в Смоленске состоится матч 6-ого тура Третьей лиги СФФ «Центр» (группа «Запад») между смоленским «Днепром» и нововоронежским «Атомом».